Xã Quốc Thái được thành lập vào ngày 12 tháng 1 năm 1984 trên cơ sở tách ấp 4 của xã Nhơn Hội, ấp 1 của xã Phước Hưng và các cồn Bắc, cồn Nam, cồn Liệt sĩ của xã Phú Hữu[1]. Tên xã được ghép từ tên của hai liệt sĩ tại địa phương là Nguyễn Văn Quốc và Võ Hoàng Thái.[4][5]

Khi mới thành lập, xã thuộc huyện Phú Châu.

Ngày 13 tháng 11 năm 1991, huyện Phú Châu được chia lại thành hai huyện An Phú và Tân Châu, xã Quốc Thái thuộc huyện An Phú.